Manfred Prasser leitete nicht nur den Umbau des Schauspielhauses zum Konzerthaus, sondern auch den Wiederaufbau des fast vollständig zerstörten Gendarmenmarkts. Dazu gehörten auch die beiden Dome sowie die dahinter liegenden Kirchen. Im ursprünglich ungenutzten Inneren des Französischen Doms richtete er das Hugenottenmuseum ein. Die Turmkolonnade ist nun für Besucher zugänglich, was ursprünglich nicht von Schinkel vorgesehen war. Der Platz wird von verschiedenen Gebäuden umrahmt, von denen nur wenige originalgetreu wieder hergestellt werden konnten. An der Westseite entwarf Prasser moderne Gebäude in Stahlgerüstbauweise mit abwechslungsreichen Fassaden aus Betonfertigteilen. In einem solchen Gebäude hinter dem Konzerthaus befindet sich die Musikhochschule Hanns Eisler.

An der Markgrafenstraße wurde Prasser dazu verpflichtet, die WBS-70-Plattenbautechnologie zu verwenden, die auch in Neubaugebieten wie Marzahn zum Einsatz kam. Doch er machte das Beste daraus: Durch dekorative Gestaltung, die den Platten bereits im Betonwerk verliehen wurde, wirken die Häuser wie Gebäude aus der Gründerzeit. Mit Spezialfertigteilen wurden attraktive Publikumsbereiche im Erdgeschoss geschaffen. Dennoch war Prasser überzeugt, dass die „Platte“ noch mehr Potenzial hatte. An der Südseite plante er städtische Häuserfronten, die nach innen gerichtete Terrassen mit hohem Wohnkomfort verbanden. Dieses innovative urbane Konzept wurde jedoch leider nicht umgesetzt. Stattdessen steht dort heute das Hilton Berlin Domhotel, für das Prasser ebenfalls den Entwurf lieferte.